江戸から長崎へ向かう平賀源内は、道中、長崎で世話になった唐木屋利七が大阪で殺されたことを知る。同じ日に、利七の義妹で江戸に住む鳥も、唐通詞の陳東海に殺害されていた。江戸と大阪で同じ男が別の人間を殺したという、あり得ない事件に、源内は深く心を痛め、真相を解明しようと決意する。長崎に到着した源内は、利七の遺体と遺書、そして鳥の死の真相を聞き、さらに衝撃的な事実を知る。それは、同じ日に長崎でも、利七の妻がお種が陳東海に殺害されていたということだった。三つの場所で、同じ男が同じ方法で三人の人間を殺した。一体、どのようにしてそんなことが可能なのか？源内は、その不可解な事件の謎を解き明かすため、奔走する。